สิ่งที่เปลี่ยนแปลงคือ ได้มีการพากษ์ใหม่ทั้งหมด มีการวาดฉากใหม่ๆในบางฉากสำคัญ รวมทั้งการดัดแปลงเนื้อเรื่องบางส่วน เช่น

Special I : ตอนที่อัสรันปรึกษากับคิระว่าจะไปแพลนท์ ตอนที่คิระพบกับชิน ที่มีการวาดใหม่ทั้งหมด ทำให้ดูสมจริงสมจังมากขึ้น หรือตอนที่ช่วยลักส์ ไคลน์จากเป้ายิงกระสุนของมือสังหารและบทสนทนาทั้งก่อนขึ้นและตอนกำลังขับ Freedom อีกครั้ง

Special II : ตอนที่อัสรันถูกถามถึงสถานที่อยู่ของพวกคิระและอาร์คแองเจิ้ลจากกิลเบิร์ต ดูรันดาล ซึ่งมีการตัดฉากไปที่อาร์คแองเจิ้ลตอนที่คิระซึ่งถอดเสื้อฟอร์มออร์บสีขาวข้างนอกออกและกำลังนั่งซ่อมฮาโล่สีชมพู หรือพิงค์จัง โดยทีลักส์นั่งมองอยู่ข้างๆ

Special IV : ฉากในเพลง Kimi wa boku ni niteiru ที่วาดฉากที่แสดงว่า สุดท้ายนั้นคิระได้เข้ากับกองกำลังซาฟท์ และมีตำแหน่งเป็นผู้บัญชาการ (หน่วยซาฟท์ชุดสีขาว หรือ Commander ในภาษาอังกฤษ) และอาศัยอยู่ที่แพลน์กับลักส์ ไคลน์ ซึ่งฉากนั้นเขาได้วิ่งเข้าไปกอดเธอเอาไว้ โดยมีบรรดาสหายร่วมรบ อดีตศัตรูและคนอื่นๆจ้องมองทั้งสองอยู่